某个漆黑的夜晚，有间谍入侵了日本警察内部。英国的MI6、德国的BDN、美国的CIA、甚至连FBI的机密数据都正面临泄露的危险。就在这千钧一发之际，安室透率领日本公安展开追击。间谍夺车逃走。高速路上，安室与间谍相互胶着，即将牵连其他车辆酿成大惨剧。就在这时，间谍的车被FBI的赤井秀一用来福枪子弹射中，滚落至道路之下。第二天，柯南一行来到东都水族馆游玩。水族馆刚刚装修完成，人气非常火爆。而在馆内的标志物 · 一座巨大的摩天轮之下，柯南发现了一位端庄秀丽的女子，她受了伤，独自一人坐在一旁。仔细一看，那名女子的双眼瞳色不一，也就是所谓的「双色瞳」。可是，女子现在却处于连自己名字也不知道的失忆状态，她身上所带的手机也坏了。柯南众人决定帮助她找回记忆，之后便带她一起行动。而这一切，都被躲在阴影之中监视他们的苦艾酒看在眼里。之后，苦艾酒离开现场，取出带消音器的手枪，并对着身上的麦克风说道：“计划很顺利呢，琴酒。”