《海上丝路南珠宝宝2》主要角色分为两大阵营，其中正面人物有海洋精灵南珠宝宝、美人鱼贝贝和阿布船长，反面人物有海怪哥斯拉和龙虾皮皮特、小螃蟹小钳子两个小跟班，客串角色还有鲸鱼、海豚和恐龙等。《海上丝路南珠宝宝2》的故事发生21世纪初期的中国北部湾海洋，在这个虚构的童话世界里，精灵、动物和人类和谐共存，他们相互交流，相互影响，精灵和动物们不仅拥有与人类一样的七情六欲，拥有理想和追求，还拥有一些特殊的能力，比如主角南珠宝宝就拥有精灵的超能力，在特定的时候会爆发，发挥作用。动画片明暗两线交替展开故事情节。在北部湾沿岸，涠洲岛上的一座灯塔中住着一位阿布船长，他是灯塔看守人，而南珠宝宝和贝贝则是他的两个学生，在这里接受阿布船长的训练，并且和他一起守护镇塔之宝——黑珍珠。因为黑珍珠拥有超自然的力量，这种力量可以给航行者指引，保一方平安。海怪哥斯拉非常想得到它。为此，他想出了各种阴谋诡计，千方百计的要得到黑珍珠。而南珠宝宝则与海怪展开了较量，一次又一次的在海怪的阴谋下夺回了黑珍珠，同时他还肩负起了保护海洋的重任。