《阿优之兔智来了》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，大家致电博士。博士怀疑巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力。同时，U妈因为思子心切，来到萝卜岛。一行人带着超级萝卜乘坐飞艇展开拯救超级萝卜之旅。但是以兔菲为首的三只兔子依旧不死心，它们一路跟随着阿U他们，发誓一定要得到超级萝卜。