魔法学院中海螺长老正在给魔法少年们传授海洋知识,幻化成黑雾的海蛇女王突然侵袭魔法学院,不但抓走了海螺长老,还用利用海螺长老的法器海螺吸干了海水.教官意识到海底世界的危险命令魔法少年前往海底世界救援,魔法少年们来到海底世界后很快发现了异样,并将目标锁定住了海蛇女王,原来海蛇女王是海底垃圾辐射后的变异体,野心勃勃的海蛇女王联合电鳗法师,虾兵蟹将在海底世界胡作非为,并利用"海晶"控制缺水的海底精灵们,企图统治海底世界.魔法少年们分析出事件的真相后与海螺长老,海公主,小涂涂等海底精灵齐心协力,不畏艰险,最终战胜了海蛇女王,夺回了海螺,恢复了海底世界的自由和快乐,经过这次的战役之后魔法少年们也更加深刻的明白了不乱扔垃圾,保护环境的重要性.