继第一季《进击！时光战队》之后，黑暗使徒派遣宇宙海盗"长鼻子"再次攻击地球，恰与正在乘机偷窃良渚文物“玉琮王”的文物大盗莫兰上校偶合，并造成时光错乱引发人类历史危机。为了阻止宇宙海盗的破坏，夺回失窃的“十二节玉琮”等良渚文物，修正人类历史，时光小队再次踏上征程。时光小队的小队员们跨越时间，凭着丰富的历史国学知识、坚定不移的决心和勇敢无畏的精神，在茶圣陆羽、书法家颜真卿等伟大的历史人物的帮助下，一边寻找遗失的良渚文明，一边与试图夺取人类历史的宇宙海盗展开斗争，终于夺回了失窃的良渚文物，修正了人类历史。时光小队的成员也在拯救地球文明的过程中不断历练成长。